少年三国志2中存在着大量不直接显示在任务列表中的长期隐藏任务，这些任务需要玩家通过特定行为或满足复杂条件才能触发，它们深度融入游戏的剧情、养成和战斗系统，为追求深度体验的玩家提供了持续的探索目标。这些隐藏任务的奖励通常包括稀有道具、武将碎片、元宝或特殊称号，其价值普遍高于常规任务，对角色属性提升和资源积累有显著帮助。任务的触发机制多样，可能涉及主线进度、特定武将培养、地图交互或苛刻的战斗条件，要求玩家在游戏过程中保持细致观察和系统性的探索。
一类主要的长期隐藏任务以成就形式存在，其完成条件往往具有挑战性且需要长期积累。身先士卒成就要求玩家在主线副本的20次挑战中，达成仅有主角角色死亡而其他武将存活的条件，这对阵容搭配和伤害控制的精确度提出了极高要求。非酋在世成就则需要玩家在列传战斗关卡中累计扫荡100次且不触发名将来袭事件，这是一个纯粹依赖概率且消耗大量体力和时间的任务。橙光万丈要求将任意橙色兵符强化至满级，而恨铁不成钢则需在武将的将星培养中，连续培养二十次且结果出现负数属性，这些成就都需要玩家进行长期的资源规划和针对性操作。
另一大类隐藏任务与游戏内的探索和剧情互动紧密相关，通常分布在列传玩法、时空外传副本以及特定武将的奇遇事件中。在刘备传、关羽传等列传副本中，玩家在通关后可重新进入自由探索模式，通过点击场景中不起眼的元素，如皇榜背面或摇钱树，可能触发隐藏的物品收集任务。部分任务链设计为多阶段操作，例如可能需要先采集特定道具，再与指定NPC对话并完成答题挑战。在时空外传副本中，则可能需要探索地图阴影区域，击败特殊敌人或达成特定战斗条件来解锁隐藏宝箱。这类任务的核心在于鼓励玩家仔细审视游戏世界的每一个细节。
部分隐藏任务的触发条件极为特殊且操作复杂，构成了游戏中的高难度挑战。马失前蹄被认为是难度较高的隐藏成就之一，其触发需要在特定关卡开始前的倒计时结束前，快速而准确地按下一系列特定的组合按键，对玩家的操作速度和熟练度是极大考验。战斗策略类任务如以慢打快，要求玩家在20次不同的战斗中，每一次都将回合数拖满至20回合，这需要玩家主动调整阵容和输出节奏。而一回合之敌则要求玩家在20次战斗中，于第一回合内就被敌方秒杀，这需要玩家主动削弱己方战力。
资源规划与养成系统内部也埋藏着长期隐藏任务，考验玩家的资源管理能力。敝帚自珍成就要求玩家将任意紫色品质的宝物强化至最高等级，这需要消耗大量的宝物经验材料和铜钱，由于紫色宝物在中后期性价比有限，故此成就得名。蓝色至纯则需玩家使用精炼石将任意蓝色装备精炼至10级。寻宝艰难或艰辛寻宝成就，要求玩家在宝物挑战中累计失败20次，玩家可以通过主动挑战高战力对手来快速完成，但会消耗日常挑战次数。
游戏在节日活动或大型版本更新时，时常会植入限时的特殊隐藏剧情任务。例如在春节、中秋等特定节日期间，可能会开放需要收集专属道具或完成特殊挑战的限定任务，其奖励可能包括节日专属武将或时装。新版本上线时，围绕新功能（如新武将或新系统）也可能会推出纪念任务。这类任务具有时效性，需要玩家密切关注游戏内的官方公告和活动界面，合理安排参与时间，否则一旦错过活动期将无法再次完成。
