组织祈福是获取功勋最基础且稳定的日常途径，具体可分为焚香祈福与纳贡祈福两种形式，每次焚香祈福消耗2000铜币，能够获得130点功勋、100点组织经验以及1个密令，而每次纳贡祈福则需消耗20金币，能够获得195点功勋、150点组织经验以及2个密令，玩家每日可进行的祈福次数与VIP等级直接相关，从最低的每日3次到VIP10以上的每日6次不等，稳定的每日祈福是功勋积累的基石。
迎击叛忍活动是获取大量功勋的关键环节，该活动需要由组织首领或高层在收集足够密令后开启，成员进入副本挑战不同等级的叛忍即可获得功勋，更为重要的是，在叛忍活动整体结束后，参与者还可以在活动界面旁领取一个额外宝箱，其中通常含有超过1000点的功勋奖励，这使得每周两次的叛忍活动成为功勋的重要来源。
通过小队突袭的助战机制也能有效补充功勋，每天帮助本组织的其他成员完成小队突袭任务，前三次助战可以分别获得100点、200点和300点功勋，累计每日最高可通过此途径获得600点功勋，这要求玩家保持与组织成员的互动与协作，积极参与互帮互助。
参与组织的大型周常活动是功勋获取的另一个重要维度，例如要塞争夺战与天地战场，在这些活动中，个人通过战斗贡献获得的积分，在活动结束后会转化为相应的功勋及金币等奖励，组织的整体排名越靠前，成员所能分得的奖励也通常更为丰厚，因此积极参与此类集体活动对于功勋增长具有战略意义。
功勋的价值最终体现在组织商店的兑换上，所获得的功勋可以在商店中兑换包括特定忍者碎片、各种等级的勾玉、声望等用于提升战力的稀缺资源，鉴于功勋的有限性，制定合理的兑换优先级，例如优先换取能直接增强战斗力的勾玉或关键忍者碎片，是最大化功勋收益的必要考量。
组织功勋的获取是一个结合每日坚持、活动参与及团队协作的综合过程，从基础的每日祈福到周期性的叛忍挑战与要塞战，每项活动都贡献了不可或缺的一部分功勋值，长期且全面地参与这些组织玩法，才能实现功勋的稳定累积，从而有效利用组织商店资源助力自身成长。
