极秘卷宗并非一个固定存在于某张地图或某个角落的静态物品，它是一种需要通过挑战来获取的特殊道具。获取它的途径主要集中在游戏内一些高难度的副本里。玩家通关第七幕序章、第八幕、第九幕、第十幕的主线剧情湮灭难度，或者在昼夜空间、暗影魔踪等日常玩法副本，以及虚空裂缝中裂隙深层的湮灭难度下进行挑战时，都有机会随机获得极秘卷宗。这些挑战本身对玩家的角色练度和操作有一定要求，是后期玩法的重要组成部分。寻找卷宗的过程本质上是一个挑战高强度副本、检验自身实力的过程，而非简单的场景探索。
当你成功获得一份极秘卷宗后，一个名为京城商会的特定地点便成为了它的核心使用场所。在大地图上找到并进入京城商会区域，在这里你可以找到专门的NPC寻宝人阿琦亚与之交互，从而开启卷宗所对应的挑战副本。每份卷宗都拥有固定的品质，从低到高分为普通、上品、绝品、极品、传说等不同档次，品质越高通常意味着挑战成功后可能获得的奖励越丰厚。卷宗还拥有一个会变化的难度等级，例如普通、困难、逆天和湮灭，难度等级直接影响着你在副本中将面对的敌人强度。
在你正式开启挑战前，可以对卷宗进行关键的准备工作，即通过消耗古商币对卷宗进行重铸。重铸会随机刷新卷宗所附带的属性词条，这些词条有的会显著提升副本内怪物的强度，而有的则会增加高阶装备的掉落概率。通常的建议是，在开启挑战前有意识地重铸出几条提升装备掉率的词条，以此来最大化每次挑战的收益。古商币可以在卷宗商店中获取，这为优化挑战提供了循环的资源支持。组队进行卷宗挑战是另一个高效策略，在组队模式下，只有发起挑战的队长会消耗自己的卷宗使用次数，队伍中的其他成员无需拥有卷宗也能参与并共享奖励。
与极秘卷宗玩法深度绑定的还有星图解锁与笔记加点系统。玩家通过完成各种挑战任务来解锁星图中的节点，解锁的星图越多，可用于笔记加点的可用点数也就越多。笔记中的不同系列可以对卷宗玩法产生直接影响，例如有的笔记系列可以提升你开启副本时的基础难度等级，有的则可以增加挑战成功后某些残页材料的回收数量。游戏内还存在一种名为鸿鸾彩券的特殊极秘卷宗，它拥有独立的赛季机制和专门的掉落列表，是获取如蛇纹徽记、鸿鸾锁等特定稀有资源的核心途径。鸿鸾彩券的数字编号越大，挑战的层数和掉落奖励通常也越好。
